Prinzipiell ist mein Favorit auch die Route 3, denn die hat die schönsten und sehenswertesten Häfen bzw. Buchten. Nur mit der Planung hat Tamako absolut Recht. Plant Ihr eine Frachterreise, dann kann man sicher Monate im Voraus festlegen wann Ihr wo anlegt - am besten noch mit Uhrzeit 
Da Ihr aber vermutlich segeln und die Tour geniessen wollt, solltet Ihr Euch nicht so festlegen sondern einfach eine Liste von potentiellen Zielen aufstellen und dann nach Wind, Wetter und Laune entscheiden. Viele der Häfen liegen so dicht beeinander, dass man auch kurzfristig die Reihenfolge ändern kann.
Statt
1. Tag FL-Sønderburg
2. Tag Dyvig
3. Tag Lyø
4. Tag Svendborg
5. Tag Ærøskøbing
6. Tag Høruphav
7. Tag Flensburg
Könnte man z.B. genauso
Sonderburg
Ærøskøbing
Lyø
Dyvig
Høruphav
Flensburg
machen oder auch
Høruphav
Ærøskøbing
Lyø
Dyvig
Sonderburg
Flensburg
Ich würde aber auf keinen Fall vorher einen "Fahrplan" aufstellen und den dann gegen alle Widrigkeiten abarbeiten.